РПЦ, образована постановлением Синода от 12 марта 2013 г. в адм. границах Краснодарского края. Включает Екатеринодарскую (см. ст. Екатеринодарская и Кубанская епархия), Армавирскую (см. ст. Армавирская и Лабинская епархия , Ейскую (см. ст. Ейская и Тимашевская епархия), Новороссийскую (см. ст. Новороссийская и Геленджикская епархия), Тихорецкую (см. ст. Тихорецкая и Кореновская епархия) и Сочинскую (см. ст. Сочинская и Туапсинская епархия). Правящий архиерей - митр. (Павел (Пономарёв; с 25 авг. 2020). Центр митрополии - Краснодар. На нач. 2014 г. в К. м. имелось 34 благочиния, 494 прихода, 8 монастырей (3 мужских, 5 женских), 586 священников, 73 диакона.
В 1783-1793 гг. территория совр. К. м. находилась в юрисдикции Феодосийского и Мариупольского вик-ства (см. Кафское викариатство) Екатеринославской епархии (см. Днепропетровская и Павлоградская епархия), в 1793-1829 гг.- Астраханской епархии (см. Астраханская и Енотаевская епархия), из них в 1793-1799 гг.- в составе Моздокского и Можарского вик-ства (упразднено 16 окт. 1799). В 1829 г. была учреждена Новочеркасская и Георгиевская епархия (с 17 июля 1842 - Донская и Новочеркасская епархия). Указом Синода от 17 июля 1842 г. из Новочеркасской епархии на землях Черноморского казачьего войска и Сев. Кавказа была выделена Кавказская и Черноморская епархия (см. Ставропольская и Владикавказская епархия). В 1885 г. приходы Терской обл. отошли Владикавказской епархии (см. Владикавказская и Моздокская епархия), а Черноморского окр. (с 1896 - губерния) - Сухумской епархии Грузинского Экзархата Русской Православной Церкви. Основная часть бывшей Кавказской епархии, включавшая территорию Кубанской обл. и Ставропольской губ., вошла в Ставропольскую и Екатеринодарскую епархию.
В 1907 г. было учреждено Ейское викариатство, 30 сент. 1916 г. указом Синода Ейский епископ был наделен особыми полномочиями и получил 12 окт. титул «Кубанский и Екатеринодарский». На Ставропольском Соборе 19-24 мая 1919 г. было принято решение образовать Черноморскую и Новороссийскую епархию, выделив ее из состава Сухумской. 18 июня 1919 г. Временное высшее церковное управление на Юго-Востоке России учредило Кубанскую и Екатеринодарскую епархию. В 1922-1933 гг. епархия имела название «Кубанская и Черноморская», в 1933-1995 гг.- «Краснодарская и Кубанская», в 1995-2001 гг.- «Краснодарская и Новороссийская», с 2001 г.- «Екатеринодарская и Кубанская».
По решению Синода от 12 марта 2013 г. из состава Екатеринодарской и Кубанской епархии выделены Армавирская и Лабинская, Ейская и Тимашевская, Новороссийская и Геленджикская, Тихорецкая и Кореновская епархии. Все 5 епархий вошли в состав вновь учрежденной К. м. Главой митрополии стал еп. Екатеринодарский и Кубанский Исидор (Кириченко), являющийся также временно управляющим Армавирской и Тихорецкой епархиями. Епископом Новороссийским и Геленджикским был избран насельник Троице-Сергиевой лавры игум. Феогност (Дмитриев; 14 апр. 2013), епископом Ейским и Тимашевским - викарий Екатеринодарской епархии еп. Герман (Камалов; хиротонисан 1 мая 2011 как викарный епископ Ейский, назначен епископом Ейским и Тимашевским 12 марта 2013). Решением Синода от 25-26 дек. 2013 г. епископом Тихорецким и Кореновским избран благочинный Тихорецкого церковного окр. Екатеринодарской епархии игум. Стефан (Кавтарашвили; хиротонисан 25 февр. 2014). 19 марта 2014 г. епископом Армавирским и Лабинским избран член епархиального совета Тихвинской епархии игум. Игнатий (Бузин; хиротонисан 13 апр. 2014).
28 дек. 2018 г. по решениею Синода в административных границах города Сочи и Туапсинского района Краснодарского края путем выделения из Екатеринодарской епархии была образована Сочинская и Туапсинская епархия. Епископом Сочинским тем же решением назначен епископ Герман (Камалов) с освобождением от управления Ейской епархией. На Ейскую кафедру получил назначение епископ Колыванский, викарий Новосибирской епархией Павел (Григорьев).
На территории К. м. в 2011-2013 гг. было построено 3 и заложено 20 новых храмов. 19 марта 2014 г. Синод принял решение вновь открыть Лебяжский во имя святителя Николая Чудотворца мужской монастырь в пос. Лебяжий Остров Брюховецкого р-на - старейшую казачью обитель на Кубани. Игуменом назначен иером. Григорий (Хоркин). 3-5 февр. 2014 г. К. м. посетил Патриарх Московский и всея Руси Кирилл (Гундяев) и служил молебен в ц. Нерукотворного образа Спасителя в Сочи.
С 1990 г. издается ежемесячная газ. «Православный голос Кубани». Ряд благочиний и монастырей также издает газеты (наиболее известные и многотиражные - «Исцелись верой», «За Русь Святую - Слово», «Православная Кубань»). На местном телевидении выходит телепрограмма «Отчий дом».
В наст. время почти при каждом храме митрополии действуют церковноприходские школы. Среди правосл. общеобразовательных заведений - Русская правосл. школа при храме Рождества Христова в Краснодаре, церковноприходская школа им. св. блгв. кн. Александра Невского в Курганинске, школа «Фавор» в пос. Мостовском, школа «Преображение» и гимназия во имя св. блгв. кн. Александра Невского в Анапе. В 1993 г. открыт Армавирский православно-социальный ин-т. 19 июля 2006 г. по постановлению Синода в Краснодаре учреждена Екатеринодарская ДС. В 2000 г. создано духовно-просветительское объединение «Архангельский собор» при ц. арх. Михаила на хуторе Трудобеликовском Красноармейского р-на Краснодарского края.
В том же году в Краснодаре была создана правосл. благотворительно-просветительская организация «Вера», при ней открыта правосл. б-ка «Семья». В дек. 2004 г. начало работу Краснодарское краевое духовно-просветительское об-во «Наследники Александра Невского», основной целью которого является воспитание подрастающего поколения на основе правосл. ценностей в духе гражданственности и патриотизма. В июне 2006 г. создан Кирилло-Мефодиевский культурно-образовательный центр при гос. научно-творческом учреждении «Кубанский казачий хор». Центр является также одним из организаторов Благовещенского православно-педагогического форума.
На территории К. м. проводятся ежегодные Всекубанские духовно-образовательные Кирилло-Мефодиевские чтения. 27 нояб. 2013 г. в Тимашёвске прошли Первые Михаило-Архангельские духовно-образовательные чтения, посвященные 700-летию со дня рождения прп. Сергия Радонежского.
В Краснодаре действует правосл. б-ка «Троицкое слово», где священнослужители читают лекции, проводят встречи с читателями. Вторая по величине правосл. городская б-ка - им. равноапостольных Кирилла и Мефодия просветительской Краснодарской общественной орг-ции «Православная книга». Б-ки имеются почти во всех приходах митрополии.
В 2005 г. при краснодарском храме Рождества Христова открылся детский дом «Рождественский». Помимо социальной опеки детский дом занимается духовным окормлением детей-сирот. В мон-ре в честь иконы Божией Матери «Нерушимая Стена» в Апшеронске возведено здание приюта для девочек до 7 лет.
На рубеже XX и XXI вв. в пределах К. м. был создан ряд раскольнических кафедр. 17 апр. 1995 г. «епископ» Вениамин (Русаленко) зарегистрировал в Краснодаре Черноморско-Кубанскую епархию Русской православной церкви за границей (РПЦЗ), к-рая помимо общин в Краснодарском крае имела подворья в Курске и Перми. Данная структура была ликвидирована решением суда в 2009 г., к тому времени Вениамин входил в отделившуюся от РПЦЗ Русскую истинно православную церковь под упр. Лазаря Журбенко (см. в ст. Истинно православные христиане). После снятия с регистрации епархиального центра официально действуют находящиеся в ведении Русаленко Крестовоздвиженский приход в ст-це Саратовская Горячеключевского р-на и «Курско-Коренной приход» в Краснодаре. Известна Краснодарская и Кубанская епархия Истинно православной церкви в юрисдикции лжемитр. Рафаила Прокопьева-Мотовилова, ее устав не зарегистрирован, почти все общины действуют нелегально; регистрацию в 2004 г. получил только Троицкий приход в Сочи, позже при нем был создан жен. мон-рь. Также неофициально действует Славянская и Южнороссийская епархия Русской православной церкви за границей в юрисдикции митр. Виталия (Устинова) (РПЦЗ(В)). Управляющий данной структурой «епископ» Виктор Пивоваров возглавляет Покровско-Тихоновский приход в Славянске-на-Кубани (зарегистрирован в 2000). В юрисдикции Российской православной автономной церкви (суздальского раскола) в Краснодарском крае в 2011 г. образована Армавирская и Северокавказская епархия; ее возглавил настоятель зарегистрированного в 2003 г. прихода св. Иоанна Крестителя в Армавире Василий Россоха, ставший «епископом» Марком.